Det er ansatt seks fysioterapeuter på Hernes Institutt, tre i hvert team hvor en av dem har teamlederfunksjon.
Hver pasient undersøkes første uken de er her av en fysioterapeut. Fysioterapeutens undersøkelse skiller seg fra legeundersøkelsen ved at det er et mer spesifikt fokus på kroppslige begrensninger og ressurser. Også her introduseres pasientene for en kognitivt atferdsrettet tilnærming.
Fysioterapeuten velger treningstilbud sett ut ifra pasientens problemer og forutsetninger, med fokus på bevisstgjøring og mestring gjennom funksjonelle øvelser.